Baptistikogudus Valga linnas alustas lätikeelsena tõenäoliselt 1907. aastal. Valga Betaania Baptistikogudus loeb oma ajalugu aastast 1921, 21.maist, kui Hans Rebane tuli Leningradist Valka elama ja kogus kokku pärast Eesti-Läti piiri sulgemist Eesti poolele jäänud koguduseliikmed. Hans Rebasest sai koguduse esimene pastor, kogudusest esialgu Tallinna Viladelvia (Filadelfia) koguduse osakond.1922. aastal asuti Mesipuu tänavale Petaania palvelasse ja kogudus nimetaski end selle nimega. 1925. aastal valiti koguduse pastoriks Karl Kaups ja 1926. aastal Richard Kaups, aga nad käisid kohal ainult aegajalt. Kohapealseks töö eestvedajaks jäi väikeste vahedega kuni 1943. aastani Hans Rebane.

1926 registreeriti kogudus ametlikult. 1928–1929 oli pastoriks baptistiliidu rändjutlustaja Karl Mühlberg, kes elas sel ajal Valgas. 1929. aastast kuni surmani 1932. aastal oli pastoriks Johannes Wühner. Tema surma järel lõhenes kogudus kaheks. Petaaniast eraldunud ehk põhiharuks jäänud kogudust juhatasid kuni 1936. aastani … Kampus ja 1938. aastast Peeter Miilius, kelle ajal Petaaniasse jäänud liikmed tulid tagasi. 1939. aastal avati Tsirguliinas koguduse osakond.

Veidi baptistikogudusest hiljem, 1922. aastal oli alguse saanud Valga Evangeeliumi Kristlaste Vabakogudus. 1928. aastast juhtis kogudust J. Raudsepp ja tema järel Fr. Utsar. 1945. aastal ühineti baptistikogudusega ja kogudusest sai Valga Evangeeliumi Kristlaste-Baptistide Kogudus.

1949–1952 juhtis kogudust Artur Nukk ja 1952–1953 Karl Mõttus. 1953–1962 oli pastoriks Jaan Hanni. See oli koguduse ajaloos üks edukamaid perioode. Oluline oli tema juhtimisel uue palvela ehitamine Uuele tänavale, mis avati 1957. aastal.

1962–1978 oli koguduse pastoriks Efrosim (Siim) Rakki. Sel ajal tuli kogudusse mujalt Nõukogude Liidust palju saksa ja vene usklikke, kes hakkasid omaette koosolekuid pidama. 1969. aastal võttis nõukogude võim Uue tänava palvela ära ja andis asemele elumaja Läti piiri ääres, Kalda tänaval, millele kogudus ehitas juurde palvesaali (avati 1970).

1979–2002 oli pastoriks Üllas Linder. Sellesse ajavahemikku jääb Eesti taasiseseisvumine, millega kaasnes mõne aasta pikkune aktiivne laste- ja noortetöö. 1989. aastal algas kristliku lehe „Kuulutaja“ väljaandmine, millest ilmus 167 numbrit koguduse väljaandena ja edasi jätkus töö Kuulutaja Ühingu väljaandena. 1990. aastal anti Uue tänava palvela tagasi, sinna asusid Kalda tänavalt pärast põhjalikku hoone remontimist venekeelsed usklikud. 1991. aastal võttis kogudus uueks nimeks Valga Betaania Baptistikogudus.

2002. aastal oli koguduse pastoriks Ago Rand ja 2003–2006 Tarmo Õun. 2006–2012 ja 2014–2015 oli Üllas Linder pastori kohustetäitjaks. 2012–2014 oli pastoriks Alari Allikas. 2015. aastast juhib kogudust pastorina Otto Aavistu.

2013. aastast kasutab kogudus üüripinda Valga kesklinnas, Kesk tn.6. Kalda tänava täielikult amortiseerunud hoone anti ühele eraisikule.

2022. aastast kolis kogudus Valgas Lai 5a ruumidesse.